二级目录：

缺点：1、二级目录在一级域名之下，如果是一个新系统程序，相对于前期收录是比较困难的，你需要不断的大量外部链接去带动蜘蛛。没有大量的内容或者原创内容很难收录。2、不利于品牌塑造，一般人认为二级目录就是主站的一部分，不利于单独品牌塑造，不如百度音乐采用www.baidu.com/music/ 效果就没有music.baidu.com好，利于用户记录。3、网站大了有一定知名度以后不利于管理。例如利用IP地址判断所在地给出相应的跳转地址。

好处：1、位于二级目录下能给主站制造大量内容，利于主站权重传递。作为内容站小站来说是十分适合的。

2、二级目录内容聚合的不好，很难获得很好的权重。

二级域名

缺点：1、小站来说启用二级域名没有强大的内容做支撑都是浪费站点。

2、主域名没有足够能力的时候是撑不起二级域名的。站点二级域名做不起来。（自己还单身屌丝没有准备的时候，怎么生小孩。二级域名相当于小孩）

优点：

1、便于推广宣传、好记用户体验这块比较好。

2、seo方面对于收录排名较好，但是不会继承主域名的权重，相当于新站。

各有利弊吧，二级域名是个独立的站，一级目录权重会更高些。要看你的情况，不要盲目做决定。